صادق زیبا کلام با انتقاد از روش مقامات ایرانی در پاسخ به انتقادات مربوط به نقض حقوق بشر، اینکه چنین انتقاداتی ربطی به اسلام داشته باشد را با طرح مثال های متعددی از موارد نقض حقوق بشر رد کرد.
زیبا کلام همچنین از مقامات ایرانی خواست ادعاهای خود را در مورد احمد شهید گزارشگرویژه سازمان ملل ثابت کنند: « ما می گوییم که احمدشهید گزارشگر ویژه حقوق بشر سازمان ملل مزدور و وابسته به صهیونیست است. فرض کنیم این فرد مزدور، مامور سازمان سیا یا فراماسون باشد، اما باید توجه کنیم که این فرد در گزارش ۶۰ تا ۷۰ صفحه‌ای خود افرادی که درباره آنها نقض حقوق بشر صورت گرفته را با نام و نشان بیان کرده و ما که می‌گوییم منبع گزارش وی منافقین و ضدانقلاب هستند باید ثابت کنیم گزارشات این فرد دروغ و بی‌پایه و اساس است.»
طی سالهای گذشته، مقامات قوه قضاییه بارها در برابر انتقاداتی که در قطعنامه‌های حقوق بشری سازمان ملل علیه ایران مطرح شده است، نسبی گرایی فرهنگی و همچنین اینکه این انتقادات حمله به قوانین اسلامی است را مطرح کرده اند و از پاسخگویی نسبت به سوالات مطرح شده خودداری کرده اند. اظهارات صادق زیباکلام یکی از معدود اظهار نظرها برای به چالش کشیدن دیدگاهی است که به جای پاسخگویی در خصوص موارد نقض حقوق بشر، منتقدان را متهم به دشمنی با اسلام می کنند.
ﻳﻴﺲ قوه قضاییه چهارشنبه ۲۰ آذر و در پاسخ به یکی از انتقادات جدی نسبت به روند فزآینده اعدام ها در ایران گفت:««ﻫﻤﺎﻧﻄﻮﺭ ﻛﻪ ﻗﺒﻼ ﻫﻢ ﺍﻋﻼﻡ ﻛﺮﺩﻳﻢ ﺑﺴــﻴﺎﺭﻯ ﺍﺯ ﺍﺷــﻜﺎﻻﺗﻰ ﻛﻪ ﺑﺎ ﺍﺩﻋﺎﻯ ﻧﻘﺾ ﺣﻘﻮﻕ ﺑﺸﺮ ﻣﻄﺮﺡ ﻣﻰ ﺷﻮﺩ، ﺍﺯ ﺟﻤﻠﻪ ﻣﺨﺎﻟﻔﺖ ﺑﺎ ﺍﻋﺪﺍﻡ، ﺩﺭ ﻭﺍﻗﻊ ﻣﺨﺎﻟﻔﺖ ﺑﺎ ﺣﻜﻢ ﺍﺳﻼﻡ ﺍﺳﺖ ﺯﻳﺮﺍ ﻗﺼﺎﺹ ﻧﺺ ﻗﺮﺁﻥ ﻛﺮﻳﻢ ﺍﺳﺖ.»
صادق زیبا کلام با اشاره به موارد متعدد نقض حقوق بشر در ایران گفته است که هیچ کدام از مواردی که مطرح می کند ربطی به اسلام ندارد و «رعایت قوانین اساسی و قوانین مصوب مجلس شورای اسلامی ایران» نقض حقوق بشر در ایران را نزدیک به صفر می کند.
فعالان و سازمان‌های حقوق بشر طی سالهای گذشته، با مستندکردن هزاران موارد نقض حقوق بشر، متذکر شده اند که حتی بر اساس قوانین ایران، وقوع آنها عملا نقض قوانین کشور است. با این وجود مسوولان عالی رتبه ایرانی همواره با سیاسی خواندن موضوع حقوق بشر، از همکاری و گفت وگو با این فعالان و سازمان ها خودداری کرده اند. از سال ۱۳۹۰ که شورای حقوق بشر سازمان ملل احمدشهید را به عنوان گزارشگر ویژه حقوق بشر در مورد مسائل ایران منصوب کرد، دولت ایران به او اجازه ورود به کشور را نداده است و گزارشهای دوره ای او را به باد انتقاد گرفته است.
زیبا کلام که دردانشگاه شهید بهشتی و در همایش بزرگداشت روزجهانی حقوق بشرسخن می گفت، با توضیح پاسخ ایران در سه دهه گذشته به انتقادات در زمینه حقوق بشر گفت: «پاسخ انتقادات در طول این سه دهه گذشته این بوده که غرب از حقوق بشر استفاده ابزاری و سیاسی می‌کند و چون ما می‌خواهیم مستقل و آزاده باشیم و اصول و ضوابط اسلامی را اجرا کنیم و همچنین قصد داریم قضاوت و دادرسی‌مان بر اساس اصول و موازین اسلامی باشد از سوی غرب که می‌خواهد سکولاریسم و بی‌خدایی را به ما دیکته کند، مورد انتقاد قرار می‌گیریم.»
زیبا کلام با انتقاد از پاسخ ایران به انتقادات مربوط به حقوق بشر گفت:« من معتقدم برعکس آنچه که به طور مرتب گفته می‌شود انتقادات مطرح شده علیه ما در خصوص حقوق بشر ربطی به اسلام ندارد.» این استاد علوم سیاسی دانشگاه تهران سپس با ارائه چندین مثال به تناقض های پاسخ مسوولین قضایی و واقعیت موارد نقض حقوق پرداخت. زیبا کلام گفت:« اینکه دانشجویی در جمهوری اسلامی ایران به واسطه فعالیت در ستاد میرحسین موسوی و طرفداری از وی یا شرکت در یک راهپیمایی غیرقانونی ستاره‌دار و از تحصیل محروم می‌شود، ربطی به اسلام دارد؟ بر اساس کدام قانون یک دانشجو به این دلیل که مخالف افکار و عقاید سیاسی موجود است از تحصیل محروم می‌شود؟» او همچنین درباره بازداشت بدون اتهام شهروندان که از آن به «بازداشت‌های خودسرانه» یاد می شود گفت:«آیا در جمهوری اسلامی ایران اتفاق نیافتده که فردی بدون اینکه مشخص شود چه اتهامی دارد بازداشت شود و بعد از هفته‌ها و بعضا ماه‌ها بازداشت اتهام وی را بگویند؟»
دکترزیباکلام با اشاره به برخی دیگر روندهای قانوعی در انتخاب وزرای کابینه دولت حسن روحانی گفت: « گفته می‌شود وزیر علوم معاونینی برای خود انتخاب کرده که وزارت اطلاعات این افراد را تایید نکرده است، در حالی که بر اساس کدام قانون وزارت اطلاعات باید رییس دانشگاه، استاندار، معاون استاندار، معاون وزیر و مدیران کل تایید کند و اگر تایید نکرد آن فرد نمی‌تواند سمت داشته باشد؟»
او همچنین با طرح موضوع انتخابات و ردصلاحیت کاندیداها توسط شورای نگهبان که یکی از موارد مطرح شده در گزارش های حقوق بشری سازمان ها و فعالان محلی و بین المللی بوده و همواره توسط مقامات ایرانی نادیده گرفته شده است گفت: «شما بارها شنیده‌اید که افراد در انتخابات‌های مختلف از سوی مجلس شورای اسلامی رد صلاحیت می‌شوند وقتی فرد رد صلاحیت شده کتبا و شفاها به شورای نگهبان می‌نویسد دلیل رد صلاحیتش چیست بعضا پاسخ داده می‌شود اگر بگوییم آبرویت می‌رود و آن فرد فریاد زده که بگویید و فکر آبروی من را نکنید… طبق قانون شورای نگهبان برای بررسی صلاحیت افراد باید از چهار مرجع استعلام کند و اگر آن چهار مرجع گفتند از نظر ما مشکلی ندارد آیا شورای نگهبان می‌تواند همچنان فرد را به دلیل افکار و عقاید سیاسی‌اش رد صلاحیت کند؟ من به عنوان یک فرد رد صلاحیت شده با شما صحبت می‌کنم به طوری که هنوز نمی‌دانم در انتخابات مجلس ششم شورای نگهبان به چه دلیل من را رد صلاحیت کرد.
زیباکلام همچنین یکی دیگر از موارد نقض حقوق بشر در جریان بازداشت شدگان پس از انتخابات در بازداشتگاه کهریزک که منجر به کشته شدن حداقل چهار تن بر اثر شکنجه شد را مورد توجه قرار داد و گفت:«وقتی حادثه کهریزک پیش آمد آقای سعید مرتضوی گفت که این افراد بیماری عفونی و مننژیت داشتند و به دلیل تب بالا فوت کردند، اما بعد که کار بالاتر گرفت گفت اصلا آن روزها در دادستانی نبوده و چون در مقطع دکترا تحصیل می‌کرده برای انجام کارهایش در واحد علوم و تحقیقات دانشگاه آزاد به مرخصی رفته بود و امروز رییس پلیس کشور می‌گوید مرتضوی اصرار داشت که دستگیرشدگان به کهریزک اعزام شوند.»
زیبا کلام گفت: «معتقدم هیچ یک از موارد نقض حقوق بشر یاد شده، ربطی به اسلام و قانون اساسی ما ندارد. من به عنوان استاد دانشگاه تهران هنوز نمی‌دانم حمله به کوی دانشگاه در شب ۲۵ خرداد توسط چه کسانی صورت گرفت.» او افزود: « بنابراین علت اینکه ما از سوی غرب در خصوص نقض حقوق بشر مورد انتقاد قرار می‌گیریم موارد یاد شده است، البته یک سلسله دلایل دیگر برای این انتقاد بیان می‌کنیم و می‌گوییم که احمدشهید گزارشگر ویژه حقوق بشر سازمان ملل مزدور و وابسته به صهیونیست است. فرض کنیم این فرد مزدور، مامور سازمان سیا یا فراماسون باشد، اما باید توجه کنیم که این فرد در گزارش ۶۰ تا ۷۰ صفحه‌ای خود افرادی که درباره آنها نقض حقوق بشر صورت گرفته را با نام و نشان بیان کرده و ما که می‌گوییم منبع گزارش وی منافقین و ضدانقلاب هستند باید ثابت کنیم گزارشات این فرد دروغ و بی‌پایه و اساس است.»
این استاد دانشگاه تهران با اشاره به یکی از پاسخ های مقامات ایرانی به انتقادات در زمینه وضعیت حقوق بشر و اینکه چرا چنین فشاری روی کشور عربستان سعودی وجود ندارد گفت: « گفته می‌شود چرا غرب در خصوص عربستان که حقوق بشر را پایمال می‌کند نگرانی ندارد و فقط نسبت به ایران نگرانی دارد؟ این مطلب دارای دو پاسخ است؛ یک پاسخ از جنبه علوم سیاسی و پاسخ دیگر از جنبه فلسفی است. پاسخ سیاسی این است که کجای جامعه ما با عربستان قابل قیاس است؟ ما از زمان مشروطه مبارزه کردیم بنابراین جامعه ما چقدر ربطی به جامعه عربستان دارد و آیا نارضایتی جامعه امروز ما با عربستان که غایت اعتراضاتشان رانندگی زنان است یکسان است؟ این عضو هیات علمی دانشگاه تهران گفت: پاسخ فلسفی هم این است که آیا نقض حقوق بشر در عربستان و اعتراض نکردن غربی‌ها به آنها به این معنی است که حقوق بشر در ایران باید نقض شود؟»